Модуль, использующий cuda можно сделать в виде отдельной native dll.
Интерфейс будет отдельным .net приложением.
Вот небольшое пояснение с сайта Microsoft: Using the DllImport Attribute
CUDA.NET 3.0.0
17/06/2010
Download:
Windows XP, Vista, 7, Server, CE
Unix (Linux, MacOSX)
- Examples -
PS: Файлы загрузки с официального сайта с документацией.